1. 整体处理思路
整体处理流程如图所示,概括来说就是:根据标注信息将WSI区分为肿瘤区域和正常区域,对这个区域进行采样裁剪得到具有Patch级别标签的Patch。
当然,这里的Patch标签是根据标注信息决定的,如果标注的是癌症亚型信息,那么也可以将不同亚型的Patch区分出来。
那么下面就对每个步骤进行介绍以及提供具体的Python代码。
2.详细步骤(提供代码)
2.0 标注文件示例
以下是用QuPath软件标注的肺癌WSI示例,图中红色区域是肿瘤区域。(声明:肿瘤区域的标注没有任何根据,仅用作下面步骤的可视化演示!!!)
2.1 掩码文件的制作
这一步能够明确哪些区域属于肿瘤区域,并排除背景区域等无关的部分。