在生命科学研究领域，转录组技术是探索基因表达奥秘的有力工具，在疾病机制探索、生物发育进程解析等诸多方面取得了显著进展。然而，随着研究的深入，研究人员发现普通转录组只能提供整体样本中的基因表达水平信息，却无法揭示基因在组织内的空间分布情况，更难以深入理解基因在组织微环境中的功能和相互作用。因此，基于普通转录组的研究很难在众多科研成果中脱颖而出，更难以发表高水平文章。

那么，如何在现有研究基础上，充分整合利用数据资源，突破这一瓶颈，提升文章的研究深度和档次呢？

2023年，深圳国家基因库与华大生命科学研究院联合Broad研究所团队在Nucleic Acids Research发表了题为“STOmicsDB: a comprehensive database for spatial transcriptomics data sharing, analysis and visualization”的文章，介绍了一站式空间转录组学数据库STOmicsDB，有助于空间转录组学领域的数据存档、共享、可视化和分析。截至2023年12月，STOmicsDB集成了17个物种128个组织共221个人工整理的数据集，涵盖25种空间转录组技术。研究人员注释了细胞类型，确定了空间区域和基因，并对这些数据集进行了细胞-细胞相互作用分析。

STOmicsDB具有用户友好的界面，可快速可视化数百万个细胞。为了进一步促进空间转录组数据的可重用性和互操作性，研究人员制定了空间转录组数据归档标准，并构建了一个空间转录组数据库归档系统。此外，用户还可以在STOmicsDB中定制专用子数据库，帮助其可视化空间转录组分析。

该数据库主要包含了四个模块，分别是文献检索模块、数据中心模块、样本信息检索模块、数据可视化模块。

01 文献检索模块

该模块可以根据发表时间、研究领域、物种、组织、研究对象、算法类型和文章类型等，同时也可以根据关键词直接进行文献的快速检索。每篇文献都有对应的pubmed ID，想看原文也可以直接检索，非常方便。

02 数据中心模块

数据中心整合了228个经过手工筛选后的数据集，涵盖了17个物种，并对这些数据集中的细胞类型做了注释。可以根据发表时间，物种、组织以及检测平台技术筛选数据。

03 样本信息检索模块

该模块可以按照不同的物种、组织、发育时期、空转技术平台、相关的疾病类型以及数据完整性程度进行分类检索。

04 数据可视化模块

在数据心中模块对于感兴趣的样本，可查看具体的可视化结果，里面还包含的细胞的注释信息，还可以展示marker基因的热图等。此外，还可以做一些基本的差异基因、功能富集分析以及细胞互作分析等，在线工具也非常完善。

所以，我们可以对普转数据充分再利用，整合公开的空间转录组数据库——STOmicsDB进一步分析基因的空间转录特性，提升gene的重要性和文章研究深度！

数据库链接

https://db.cngb.org/stomics/

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