如何利用机器学习分析筛选生物标记物

在生物信息学中,Lasso回归、随机森林(Random Forest)和XGBoost因其各自的特性和优势,被广泛应用于基因组学、蛋白质组学、药物发现和疾病机制研究等领域。

Lasso回归

癌症亚型分类:从TCGA数据中筛选驱动基因(如BRCA1、TP53等);

甲基化数据分析:识别与疾病相关的差异甲基化位点(DMRs);

寻找SNP(单核苷酸多态性)与基因表达的关联;

宏基因组数据筛选关键微生物标志物(如肠道菌群与疾病的关联)。

随机森林

阿尔茨海默病(AD)的血液生物标志物筛选(如Aβ、tau蛋白相关基因);

XGBoost

基因组关联分析(GWAS)增强:整合多个SNP+环境因素,提高预测能力;

单细胞RNA-seq数据聚类:XGBoost结合PCA降维,提高细胞类型分类准确率;

药物响应预测:基于基因突变+表达数据训练XGBoost模型的药物敏感性预测。

总体来说,上述三种机器学习都非常适用于生物标记物的筛选,例如基因、蛋白、甲基化位点或是SNP等等。

【掌上生信绘图平台(https://handybioplot.cn)】提供了上述三种机器学习分析工具,无需编写代码,只需要上传文件即可一键分析并自动绘制相关图片,为您节约宝贵的时间成本。

使用说明

分析参数

结果图

绘图参数

结果图片还可以使用绘图参数自由修改

任务列表

如果分析结果不满意,可以修改参数重新提交分析,所有任务独立记录,可自由切换查看结果

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