本章教程,记录如何在wsl2+ubuntu下载通过conda安装prokka软件包。
Prokka 是一个快速的、功能强大的基因组注释工具,特别适用于细菌基因组的注释。它能够自动化完成从基因组序列到功能注释的整个流程,包括基因的识别、功能预测和注释,并且支持多种文件格式输出,广泛应用于微生物基因组学研究中。
主要功能
基因预测:Prokka 能够从基因组序列中预测蛋白质编码基因,rRNA、tRNA、ncRNA 等。注释功能:为预测的基因提供功能注释,基于多个公共数据库如 UniProt, RefSeq, NCBI 等。
高效:Prokka 是为了快速处理大规模数据而设计的,它能在短时间内对大量基因组进行注释。
多样的输出格式:支持 GenBank、GFF3、GBK 等文件格式输出,便于与其他工具兼容。
支持多种微生物基因组:包括细菌、古菌等微生物的基因组。
一、创建新的虚拟环境
为了能够顺利安装,建议安装在新的虚拟环境,可以避免一些依赖包冲突导致安装失败。
conda create -n prokka_env