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文章目录
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- 介绍
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- 数据准备与过滤
- 统计分析
- 可视化绘图
- 抗药性分析
- 系统发育分析
- 加载R包
- 数据下载
- Supp figure 1
- Fig 1a
- Fig 1c
- Fig 1d
- Fig 1e
- Fig 1f
- Supp figure 3
- Supp figure 4
- Supp figure 5
- Figure 2a
- Figure 3
- Figure 4a
- Figure 4b
- Supp figure 8
- Supp figure 9
- 总结
- 系统信息
介绍
一个综合性的生物信息学分析脚本，主要用于处理和分析大肠杆菌（Escherichia coli）的基因组数据。它涵盖了从数据过滤、统计分析到可视化绘图的多个步骤，旨在揭示不同序列型（Sequence Type, ST）大肠杆菌在不同年份、不同来源（如尿液、血液等）中的分布情况，以及它们的抗药性特征和系统发育关系。
数据准备与过滤
脚本首先加载了多个数据文件，这些文件包含了大肠杆菌的元数据、基因组信息以及抗药性数据。通过一系列的过滤步骤，脚本筛选出了特定年份（如2024年）的数据，并根据样本来源（如人类、尿液、血液等）进行了分类。这些过滤步骤确保了后续分析的准确性和相关性。
统计分析
在数据过滤之后，脚本进行了详细的统计分析。例如，计算了不同序列型在特定年份的分布比例，以及在特定样本来源（如尿液和血液）中的占比。这些统计分析帮助研究人员了解不同序列型的流行趋势和临床相关性。
可视化绘图
脚本的可视化部分使用了ggplot2和ggtree等R语言包，生成了多种图表。这些图表包括条形图、堆叠柱状图、系统发育树和热图等，用于直观展示数据的分布和关系。例如，某些图表展示了不同序列型在不同年份的流行趋势，而另一些图表则展示了不同序列型在不同样本来源中的分布情况。
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