在发表科研论文的过程中，科研绘图是必不可少的，一张好看的图形会是文章很大的加分项。

为了便于使用，本系列文章介绍的所有绘图都已收录到了 sciRplot 项目中，获取方式：

R 语言科研绘图模板 --- sciRplothttps://mp.weixin.qq.com/s/QA_8LVqjkdg4A16zLonw4w?payreadticket=HKSOocYtB3kU7I9ppELkV3y7KcVhEgDNHnU45KgJ0Up0xsd2-W-ZH0JJQ1bFdzrAPn4oQgQ本期绘图预览：

 

1. 导入包

 

我们首先导入本期绘图用到的 R 包：

library(linkET)library(ggplot2)library(dplyr)library(vegan)

2. 准备数据

 

接下来我们导入绘图用到的数据，在 sciRplot 中给大家提供了测试数据：

data <- sciRplot_data

查看下数据格式：

 

3. 准备配色

 

颜色的选择往往是一件让人特别纠结的事情，这里我们直接设置配色，也可以使用 sciRcolor 来设置配色：

node.fill <- "#5470c6"square_color <- c("#5470c6","white","#91cc75")couple_color <- c("#EE6666","#73C0DE","gray")

sciRcolor 是为了 R 语言科研绘图开发的配色工具，包含了 100 种常用配色，详细信息见：

R 语言科研配色工具 --- sciRcolorhttps://mp.weixin.qq.com/s/XZol4VxvHnJD_49ij3f2mg?payreadticket=HKK3e6b-U_In0ECA_sTQJS6ni-3YN92OIZtHAMIAF7NOcaVU5lFP8i2QWkHCMuBA-Pzrb3Y

4. 绘制图形

 

接下来我们通过下面的代码来绘制图形：

p <-   qcorrplot(correlate(varechem), type = "lower", diag = FALSE) +  geom_square() +  geom_couple(aes(colour = pd, size = rd), data = mantel,              curvature = nice_curvature(),               node.fill=node.fill, node.colour="black") +  scale_fill_gradientn(colours = square_color) +  scale_size_manual(values = c(0.5, 1, 2)) +  scale_colour_manual(values = couple_color) +  guides(size = guide_legend(title = "Mantel's r",                             override.aes = list(colour = "gray"),                              order = 2),         colour = guide_legend(title = "Mantel's p",                                override.aes = list(size = 3),                                order = 1),         fill = guide_colorbar(title = "Pearson's r", order = 3))p

5. 保存图形

 

最后我们保存绘制的图形：

ggsave("save/mantel-plot.png", p, width = 8, height = 6, dpi = 300)

 

 

sciRplot 介绍

为了解决 R 语言中科研绘图的问题，我推出了 sciRplot 项目。sciRplot 项目包含了以下内容：

① 100 种绘图代码，按照图形类型进行分类，包含 60 种基础绘图和 40 种进阶绘图

 

② 配备一站式 html文档，包含测试数据，代码一键复制，交互式阅读提高用户体验