总有一些情况,让你不得不在linux上使用R。。。
在我不断试错,不断尝试过程中(恩,新手疯狂踩坑)
发现最简单的办法是:
1 mamba创建一个新环境,在新环境中使用R
2 转变思维,都在linux上使用R了,就不要想着可视化,别像win上那样安装一个包就install.packages()。
这里巨坑,因为,首先可能会安装到默认环境中的R中,而不是指定环境中;其次,存在依赖下载不全或版本不符合导致安装不成功。
3 所以,转变成linux下载软件的形式,
直接用mamba下载所需包,比如:
mamba install -c conda-forge r-rlang r-readr r-dplyr
部分安装过程:
Updating specs:- r-rlang- r-readr- r-dplyr- ca-certificates- opensslPackage Version Build Channel Size
──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────Install:
──────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────+ r-hms 1.1.3 r44hc72bb7e_2 conda-forge 109kB+ r-tidyselect 1.2.1 r44hc72bb7e_1 conda-forge 219kB+ r-clipr 0.8.0 r44hc72bb7e_3 conda-forge 70kB+ r-generics 0.1.4 r44hc72bb7e_0 conda-forge 90kB+ r-assertthat 0.2.1 r44hc72bb7e_5 conda-forge 72kB+ r-prettyunits 1.2.0 r44hc72bb7e_1 conda-forge 160kB+ r-progress 1.2.3 r44hc72bb7e_1 conda-forge 95kB+ r-tzdb 0.5.0 r44h93ab643_0 mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 553kB+ r-bit 4.6.0 r44h2b5f3a1_0 mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 622kB+ r-dplyr 1.1.4 r44h0d4f4ea_1 mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 1MB+ r-bit64 4.6.0_1 r44h2b5f3a1_0 mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 504kB+ r-vroom 1.6.5 r44h0d4f4ea_1 mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 874kB+ r-readr 2.1.5 r44h0d4f4ea_1 mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 811kB
或者是这种
mamba install -c bioconda bioconductor-genomation
部分安装过程:
Updating specs:- bioconductor-genomation- ca-certificates- opensslPackage Version Build Channel Size
───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────Install:
───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────+ bioconductor-impute 1.80.0 r44h4d5c4aa_1 bioconda 689kB+ r-plotrix 3.8_4 r44hc72bb7e_1 mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 1MB+ r-gridbase 0.4_7 r44hc72bb7e_1006 mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge 179kB+ bioconductor-bsgenome 1.74.0 r44hdfd78af_0 bioconda 7MB+ bioconductor-seqpattern 1.38.0 r44hdfd78af_0 bioconda 4MB+ bioconductor-genomation 1.38.0 r44he5774e6_0 bioconda 3MBSummary:Install: 6 packagesTotal download: 16MB
恩,只要网络好,就能成功下载下来。
然后再在R脚本开头加上一行这个(你的环境的绝对路径):
.libPaths(c("/storage2/xxx/mambaforge/envs/genome/lib/R/library", .libPaths()))
目的是让运行R脚本时,用的库是这个环境下的库,而不是bace环境下的库。
再运行R的脚本,就没问题了。